С 2013 - 2017г.г. опубликовано 183 печатных работы, из которых 77 научных статей, 6 патентов на изобретение, 11 монографий и глав в национальных руководствах по медицине. За последние три года подготовлено более 100 докладов для выступлений на научно-практических всероссийских и международных конференциях, организовано 7 мастер-классов с международным участием; Индекс Хирша – 3, цитирований – 58 (РИНЦ).

Ежегодно А.Д. Зикиряходжаев читает лекции для студентов медицинских вузов и ординаторов МНИОИ имени П.А. Герцена на кафедре онкологии и радиотерапии в Институте последипломного образования Первого московского государственного медицинского университета им. И.М. Сеченова по специальности онокология, маммология.

Ежемесячно А.З. Зикиряходждаев проводит обучающие курсы для врачей в Отделении онкология и рконструктивно-пластическая хирургия молочной железы и кожи МНИОИ имени П.А. Герцена, в качестве повышения квалификации по специальности онкология, маммология.

Под руководством А.Д. Зикиряходжаева состоялись защиты диссертаций на соискание кандидатской и докторской степеней медицинских наук:

Сухотько А.С., по специальности «онкология» на тему: «Паллиативные мастэктомии в комплексном лечении больных раком молочной железы IV стадии»;

Орифова Б.М., по специальности «онкология» на тему: «Рак кожи, резвившийся на рубцах»;

Умарова С.Г., по специальности «онкология» на тему: «Злокачественные новообразования органов женской репродуктивной системы у многорожавших женщин Таджикистана».

В настоящее время А.Д. Зикиряходжаев является научным руководителем 5 очных аспирантов:

Расулова Е.Ю., на тему: «Выбор метода хирургического лечения больных раком Педжета молочной железы с учетом молекулярно-биологического подтипа»;

Масри А.А., на тему: «Использование аутожирового трансплантата при реконструктивно-пластических операциях у больных раком молочной железы»;

Широких И.М., на тему: «Использование аутологичных, синтетических, биологических материалов в реконструктивной хирургии при раке молочной железе»;

Старкова М.В., на тему: «Современные методы диагностики и хирургического лечения раннего рака молочной железы»;

Тукмаков А.Ю., на тему: «Онкопластические резекции молочной железы с использованием ротационных гландулярных лоскутов»;

Также А.Д. Зикиряходжаев является научным руководителем 4 соискателей для защиты диссертаций кандидатской учёной степени:

Арсланов Х.С., на тему: «Завершающий этап реконструтивно-пластических операций при раке молочной железы»;

Аникина Е.Г., «Принципы и реализация терапии сопровождения курса лучевой терапии у больных раком молочной железы с послеоперационными осложнениями»;

Искандеров Р.М., на тему: «Органосохраняющие операции в онкопластическом варианте при раке молочной железы»;

Байчорова Э.А., на тему: «Функционально-щадящие операции у больных раком молочной железы с использованием ацеллюлярного дермального матрикса и синтетического имплантата», а также

А.Д. Зикиряходжаев является научным консультантом научного сотрудника отделения ОРПХ молочной железы и кожи МНИОИ имени П.А. Герцена на соискание учёной степени доктора медицинских наук Ермощенковой М.В., на тему: «Хирургическая реабилитация больных раком молочной железы», доцента кафедры онкологии и рентгенрадиологии медицинского института РУДН к.м.н. Запирова М.М. на тему «Онкопластические резекции у больных раком молочной железы».

С 2013г. по руководством А.Д. Зикиряходжаева разработаны научные протоколы: ПРОТОКОЛ РМЖ-1 – 2013    «Диагностика и лечение рака молочной железы»;

«Разработка методик суперселективной интраартериальной инфузии цитостатиков и противовоспалительного сопровождения при местнораспростарненном раке молочной железы (IIIA,B,Cстадии) для повышения циторедуктивного эффекта неоадъювантной химиотерапии»;

«Коррекция послеоперациооных дефектов с использование аутожирового трансплантата»;

«Генетические исследования у больных раком молочных железы различных иммуногистохимичских типов»;

«Разработка варианта лечения больных раком молочной железы I стадии (pT1N0M0) старше 65 лет»;

«Разработка метода лечения больных раком молочной железы без лимфаденэктомии»;

«Методы хирургической профилактики развития рака молочной железы у генетически ассоциированных женщин и женщин с тяжелыми формами дисплазии».

В настоящее время А.Д. Зикиряходжаев осуществляет разработку НИР РООМ «Возможности хирургического лечения больных раком молочной железы IV стадии и НИР «Диагностическая эффективность и безопасность радиофармацевтического препарата «Нанотех ⁹⁹Tc» при лимфосцинтиграфии для выявления сторожевых лимфоузлов у пациенток со злокачественными новообразованиями молочной железы».

А.З. Зикиряходжаев является ответственным секретарем журнала «Опухоли женской репродуктивной системы».